Najstarsze znaleziska archeologiczne na Litwie pochodzą z XI tysiąclecia p.n.e. i reprezentują tzw. kulturę Madlen, Briome, Liungbiu, Arensburg...Swidry (IX grupa genetyczna). Z IV-III tysiąclecia p.n.e. występowała kultura Kunda-Narewka na obszarze od jeziora Ładoga po północną Białoruś, obejmującym tereny dzisiejszej Łotwy i Estonii, sięgającym od zbiegu Wilii i Niemna poza rzekę Pregołę na zachodzie.

W III tysiącleciu p.n.e. na tereny współczesnej Litwy napłynęły ludy mówiące językami ugrofińskimi (VIII grupa genetyczna) (jak współcześni Estończycy, Węgrzy i in.). Na przełomie III i II tysiąclecia p.n.e. przybyły ze wschodu Indoeuropejczycy. Niektórzy badacze przyjmują, że właśnie wśród nich należy doszukiwać się przodków Bałtów, a więc także Litwinów. Wiele wskazuje również na to, że Bałtowie mogli przybyć na te tereny w czasie drugiej wielkiej migracji Indoeuropejczyków (ok. XII wiek p.n.e.).